由中国科学院设立，分为院长特别奖和院长优秀奖。学校根据中科院每年下达名额进行评审，获奖名单由中科院审定公布。院长特别奖奖金为10000元/人；院长优秀奖奖金为5000元/人。院长特别奖获奖学生的指导教师，授予“中国科学院优秀导师”称号，奖励10000元/人。