药物设计方法学旨在学习药物从发现到上市的过程，以及新药研究开发的基本思路和方法、着重学习先导化合物的发现、先导化合物的优化、临床前新药研究的主要内容和方法、前药的设计与应用、构效关系、计算机辅助药物设计等方法, 使学生了解、熟悉、掌握药物研究的基本思路和基本概念，为进一步从事药物设计与开发奠定基础。

绪论 （1学时，教师：李学兵）
1.药物发现的几个历史阶段
2.药物设计学的形成与发展
3.药物设计学的现代技术与前沿领域
第一部分：药物设计的生命科学基础（2学时，教师：李学兵）
1.1药物作用的靶点
1.2药物与生物大分子靶点的相互作用
1.3生物膜与药物跨膜转运
第二部分：细胞间的信号转导及内源性生物活性分子与有关药物设计（6学时，教师：李学兵，施一）
2.1基于细胞间信号转导的药物设计（3学时，教师：李学兵）
2.1.1细胞间的信号转导
2.1.2基于调节第二、三信使的药物设计
2.1.3基于基因调控机制的药物设计
2.2机体内源性活性肽的药物设计（3学时，教师：施一）
2.2.1肽类化合物的结构特征，类肽的设计原理与方法
2.2.2构型限制性氨基酸的设计，肽链骨架的修饰和肽二级结构的模拟
2.2.3脑啡肽类似物和肾素抑制剂
第三部分：以核酸和蛋白酶为靶点的药物设计（6学时，教师：李学兵，施一）
3.1基于核酸原理的药物设计（3学时，教师：李学兵）
3.1.1核酸的结构及其生物合成
3.1.2代谢拮抗类抗肿瘤、抗病毒药物设计
3.1.3核苷类抗病毒药物的设计和反义核酸
3.2以酶为靶点的药物设计（3学时，教师：施一）
3.2.1酶的分类，酶促动力学特征和激活与抑制
3.2.2酶抑制剂的设计原理、发展与分类
3.3.3 ACE，HIV逆转录酶，COX-2，神经氨酸酶抑制剂
第四部分：基于药物代谢原理和生物电子等排原理的药物设计（6学时，教师：李学兵，李中军）
4.1基于药物代谢原理的药物设计（3学时，教师：李学兵）
4.1.1前药概念，前药原理，前药设计的目的与方法
4.1.2软药的概念及其应用
4.1.3孪药的基本概念、分类及其应用
4.1.4靶向抗癌前药的设计
4.2基于生物电子等排原理的药物设计（3学时，教师：李中军）
4.2.1生物电子等排体，Grimm氢化物取代规则，经典与非经典生物电子等排体分类
4.2.2经典生物电子等排体取代
4.2.3非经典生物电子等排体类型，Me Too药物概念，优点及设计策略
第五部分：基于组合化学技术及化学基因组学原理的药物设计（12学时，教师：李中军，施一）
5.1基于组合化学库的药物设计（3学时，教师：李中军）
5.1.1组合化学基本概念与一般合成方法
5.1.2组合化学库的种类及构建
5.1.3组合化学库的高通量筛选技术
5.2基于化学基因组学的药物设计（3学时，教师：李中军）
5.2.1化学信息学基本概念，化学数据分析与化学数据库构建
5.2.2类药化合物与ADMET
5.2.3化学基因组学与药物设计
5.3计算机辅助药物设计（6学时，教师：施一）
5.3.1分子模型及计算方法
5.3.2Hansch方法，3D-QSAR研究的基本过程，药效团概念及应用
5.3.3基于生物大分子靶点结构的药物设计
5.3.4虚拟筛选技术
第六部分：新药开发的基本途径与方法（3学时，教师：李中军）
6.1人类功能基因组学、重大疾病相关基因的发现与表达
6.2先导化合物发现的基本途径及其结构优化
6.3临床前药物体内外药效学评价，临床前安全评价，药物临床研究
考试（3学时）

教学手段与方法： 课堂授课
考核方式：课堂表现（15%）+ 课后作业（15%）+ 闭卷考试（70%）

1. 药物设计学（人民出版社，徐文方，2015年第二版）
2. 药物设计学（高等教育出版社，仇缀百，2008年第一版）