课程从介绍基因组学学科形成及发展历史为起点，重点介绍基因组学的学科演化，以及生物信息学、微生物基因组学和病原基因组学学科的形成。同时，课程就基因组学前沿技术、生物信息在病原基因组学研究中作用，以及基因组学技术在突发新发传染性疾病病原检测监测中的应用研究进行较为全面的讲解。通过本课程教学，使学生能够全面了解基因组学及相关的生物信息学、微生物基因组学和病原基因组学的形成和相互关系，熟悉基因组学技术的特性，以及这些技术在病原微生物临床检测和监测中的应用。

绪论 （3学时，教师：朱宝利）
1、基因组学简介
1.1 人类基因组计划与基因组学的形成
1.2 微生物基因组学及病原基因组学
1.3 DNA测序技术及生物信息学
第一部分：病原细菌基因组学（9学时，教师：朱宝利）
2、细菌基因组的特点
2.1结核分枝杆菌的分类及基因组结构特征
2.2结核分枝杆菌的耐药突变
2.3金黄色葡萄球杆菌的基因组特征
2.4金黄色葡萄球杆菌的耐药特征
2.5 大肠杆菌基因组的特点
2.6 大肠杆菌毒力基因和耐药基因
2.7 鲍曼不动杆菌基因组特征
2.8 鲍曼不动杆菌的耐药特点
2.9细菌横向基因转移和可移动耐药基因
第二部分：人体微生物组与单细胞基因组技术（12学时，朱宝利，6学时，杜文斌，6学时）
3、人体微生物组简介
3.1人体肠道微生物组与人体健康研究 (3学时，朱宝利)
3.2 人体肠道微生物组与DNA测序技术(3学时，朱宝利)
3.3 人体肠道微生物组与健康（2学时，研讨课-朱宝利)
3.4人体肠道微生物组与健康（2学时，研讨课-朱宝利)
3.5人体肠道微生物组与健康（2学时，研讨课-朱宝利)
3.6 单细胞基因组学（杜文斌）
3.7 单细胞基因组学技术的发展现状（杜文斌）
3.8 单细胞基因组学的应用（杜文斌）
3.9单细胞基因组学的应用（研讨课-杜文斌）
第三部分：病毒基因组学（3学时，教师：刘翟）
4、病毒基因组的特征
4.1 病毒基因组数据库
4.2 禽流感病毒的基因组特征及分析
4.3 埃博拉病毒基因组的特点及分析
4.4 病毒基因组的生物信息学分析方法

考试（3课时）
教学方式： 课堂授课+研讨课
考核方式：课堂表现（15%）+ 课后作业（15%）+ 开卷考试（70%）

1. 病原微生物学与病原基因组学额
2. 生物信息学原理