通过本课程学习，让研究生建立一个牢固的环境微生物学技术网络；获得既有一定的历史、现状和发展前景,又有一定深度和广度的综合知识；启发、引导和培养研究生的科研及实际能力。掌握污染环境下微生物群落基本特征以及在解决各类环境问题中涉及的新知识点和研究方法，包括基于核酸技术开展的环境中绝大多数存活尚不可培养的微生物的研究方法。本课程一般应结合环境微生物学实验、或者生物化学实验开展。
本课程适于环境科学、环境工程、生物地球化学等专业学生扩展学科基础、开拓研究思路选修。 选修本课程的同学，要求具有基本的微生物学、生物化学和化学基础知识。
预修课程教材 普通微生物学、基础生物化学和化学基础知识

第一章 环境微生物概论 （4学时）
1、环境微生物概念、发展历史和几个热点问题 (2学时)（刘双江）
2、应用环境微生物现状与进展（2学时）（张洪勋）
概括介绍环境微生物开展的应用性工作，应用对象包括：水污染（海洋、江河、湖泊、生活污水、工业污水、地下水）；固体废物（可生物降解废物）污染；土壤（土壤重金属污染、有机污染物污染、石油污染）；空气（微生物气溶胶）；微生物检测

第二章 环境微生物生长、控制和遗传基础及其环境研究中的应用（8学时）
1、环境因素对微生物生长的影响（好氧、厌氧、温度、压力、盐辐射等）
2、微生物营养选择与富集培养应用
3、遗传变异及污染物致突变原理（Ames举例）、微生物质粒及其在污染物治理应用（与污染物降解有关质粒）
4、16s rRNA分类（存活尚不可培养微生物），古菌特征、甲烷生成与氧化途径；
（以上1、2、3、4，总6学时）（张洪勋）
    5、微生物最新培养技术专题（2学时,外籍专家）（刘双江）

第三章 环境微生物污染物代谢（6学时）
1、微生物基本代谢及其与污染物关联代谢（2学时）（张洪勋）
2、有机污染物代谢途径（降解酯烃、芳烃、农药、内分泌干扰物等代谢途径）
（2学时）(张洪勋)
3、氯代硝基苯的微生物降解途径（2学时）（刘双江）

第四章 光合微生物及其在环境污染治理中的应用 （6学时）
1、微生物光合作用原理 （2学时）（张洪勋）
2、水华及其微囊藻毒素 （2学时）（张洪勋）
3、光合微生物在环境污染治理中的应用 （2学时）（张洪勋）

第五章 微生物的生物地球化学循环（6学时）
1、碳氮硫循环 （4学时）（庄绪亮）
2、重金属代谢及矿山废水生物治理 (2学时)(张洪勋)

第六章 微生物膜、Chemotaxis、Quorum sensing研究与应用 （4学时）
1、生物膜与Quorum sensing (2学时) （刘双江）
2、Chemotaxis (2学时) （刘双江）

第七章 环境微生物的污染治理贡献（6学时）
微生物技术在水污染治理、土壤修复、固体废物资源化、填埋、废气处理及植物病害防治中的研究与应用。要求学生掌握污水的生物处理的基本原理方法、废渣的生物处理的基本原理方法、废气的生物处理。（6学时）（余志晟）

第八章 环境微生物监测 （4 学时）
空气的微生物污染（空气中的病原微生物及其传播，污水处理污水与灌溉引起的空气污染，空气微生物污染的防治措施）；水体的微生物污染（水中的病原微生物，医院污水的微生物污染，水中微生物污染的检测，饮水消毒问题）；土壤的微生物污染（土壤中的病原微生物及其传播，土壤生物性污染的预防）。与微生物相关的环境污染检测技术及生物恐怖主义 指示微生物、生物恐怖、芯片技术在环境监测中的应用。（4学时）（余志晟）

第九章 组学时代的环境微生物学 （2学时）
    介绍组学在环境微生物方面的应用 （2学时）（刘双江）

第十章 答疑和考试 （4学时）
    该课程的最后两次课程分别用于答疑（2学时）和闭卷考试（2学时）（庄绪亮）

主要参考书： 
1．RainaM.Maier 等“Environmental Microbiology，Third Edition，Academic Press, 2015，2009, ISBN-978-0-12-394626-3
2、污染控制微生物学，任南琪等，哈尔滨工业大学出版社，ISBN 978-7-5603-1801-1，2011第四版
3、Lansing M.Prescott, John P. Harley and Donal“Microbiology”5th ed。 A. Klein, The McGraw-Hill Companies,Inc （中译本已出版，沈萍等译）