功能基因组学是继人类基因组计划以及水稻等模式生物基因组计划之后发展起来的一门新兴学科，又被成为后基因组研究计划。与以全基因组测序为目标的结构基因组学不同，功能基因组学研究主要以鉴定基因功能并揭示其基因型与表型之间的内在调控机制为目标，这些调控机制涉及基因的转录水平、翻译水平以及表观控制等方面。在基因组水平上全面分析基因功能，使得生物学研究从对单一基因的研究转向多个基因同时进行系统的研究。功能基因组学是生命学科的一门专业普及课，它以遗传学、生物化学和分子生物学等学科为基础。本课程主要以模式植物在功能基因组研究中所采用的主要研究手段以及取得的重要研究成果为主要教授内容。要求通过对该课程的学习，使学生能较够全面和深入理解功能基因组学原理和应用，并掌握生命科学研究的设计思路和基因组及其功能研究策略，以求为以后的学习和科研工作打下良好和扎实的理论基础。

第一部分：总论（3学时，教师：储成才）
1.1.1功能基因组学概念
1.1.2功能基因组学研究内容
1.1.3功能基因组学研究方法
第二部分：植物叶发育和穗发育的功能基因组学（9学时，教师：储成才）
2.1 植物叶片发育的功能基因组学
2.1.1 叶片形态发育与叶片功能
2.1.2 叶片衰老的功能解析
2.2 植物穗发育的功能基因组学
2.2.1 水稻籽粒发育的功能解析
2.2.2 水稻穗发育的功能解析
第三部分：植物株型发育的功能基因组学（9学时，教师：王永红）
1、植物株型发育过程及细胞学基础（2学时）
1.1植物营养生长时期形态建成特征
1.2植物生殖生长时期形态建成特征
1.3 茎尖分生组织
1.4 侧生分生组织
1.5 研究植物株型的主要模式植物
2、植物株型功能基因组的研究方法及策略（3学时）
2.1遗传学方法
2.2 细胞学方法
2.3 生物化学方法
2.3 组学方法
2.4 举例介绍综合运用上述方法的研究策略
3、以分枝为例介绍植物株型功能基因组学的研究进展（3学时）
3.1 侧芽形成的基因调控
3.2 侧芽伸长生长的基因调控
3.3 侧枝角度形成的基因调控
3.4 植物激素在株型调控中作用机理
4、植物株型功能基因组学研究展望（1学时）
第四部分：植物抗逆性状的功能基因组学（9学时，教师：张劲松）
1.拟南芥乙烯信号转导与逆境相应（3学时）
1.1背景介绍
1.2拟南芥乙烯信号转导
1.3乙烯与盐胁迫反应
1.4乙烯的反馈调控机制
2.水稻乙烯信号转导：保守与变异（3学时）
2.1乙烯在水稻中的生理作用
2.2水稻乙烯信号转导：保守及变异
2.3新组分和新机制
2.4乙烯及水稻盐胁迫反应
3.大豆功能基因组学（3学时）
3.1背景介绍
3.2大豆转录因子基因与耐逆性调控
3.3大豆种子油分积累调控基因
3.4野生和栽培大豆资源中油份调控基因的变异
第五部分：植物配子形成的功能基因组学（9学时，教师：程祝宽）
1、孢母细胞发育与减数分裂调控（5学时）
1.1 孢母细胞发育的遗传调控
1.2 减数分裂起始的遗传调控
1.3 DNA双链断裂形成的遗传调控
1.4 同源染色体重组的遗传调控
1.5同源染色体分离的遗传调控
2、植物雄配子体发育的功能基因组（2学时）
2.1 雄性生殖细胞分化的遗传调控
2.2 雄性生殖细胞与其周边细胞互作的遗传调控
2.3 雄配子体发育的遗传调控
3、植物雌配子体发育与受精的功能基因组（2学时）
3.1 功能大孢子的形成
3.2 胚囊发育的遗传控制
3.3 胚囊细胞核分裂的基因调控
3.4 植物受精的遗传调控
考试（1学时）
教学方式： 90 % 课堂授课 + 10 % 研讨
考核方式：读书报告

参考书：
1.	《功能基因组学》徐子勤主编，科学出版社，2007.  
2.	《基因组学》杨金水主编，高等教育出版社（第三版），2012. 
3.	 B．Michael, J. K. Arkady. Functional Genomics: Methods in Molecular Biology. Humana Press, New Jersey, 2003.