生物系统学是关于生物物种多样性的分类和系统演化历史研究的学科。本课程主要介绍生物系统学的基本原理和研究方法，具体内容包括：生物系统学简介、物种概念、分类级元、分类原理和研究程序、系统发育重建理论与方法、生物地理学基本原理、生物命名法规、分类文献学、分类论文写作、分类数据管理等等。本课程是生物分类学、生态学、生物地理学等专业研究生的专业基础课，亦可作为进化生物学专业研究生的选修课。通过本课程的学习，学生们能掌握生物系统学的基本原理和方法，为开展物种多样性的分类研究、探讨物种起源及演化、生物地理学以及其他进化生物学领域的相关研究打下基础。

内容提要:

第一部分：生物分类原理 （15学时，教师：梁爱萍）
1、生物系统学简介
1.1 生物系统学的定义
1.2 研究内容、重要性
1.3 若干基本概念
1.4 发展历史、主要学派
2、分类阶元
2.1 物种及种上阶元
2.2 等级系统
2.3 单系、并系及多系
3、分类性状
3.1 分类性状的种类
3.2 分类性状的观察、特征信息的分析、提取与整合
4、研究程序
4.1研究标本的获取与保藏、文献资料搜集
4.2分类鉴定、分类识别
4.3分类描记、检索表编制
4.4 论文写作与发表。

第二部分：系统发育 （15学时，教师：黄大卫）
1、分子进化的基本概念和科学问题
分子系统发育分析的基本概念和定义，如遗传信息、用于分子系统发育的数据和性状、系统发育树、基因树、推断系统发育的方法和生物进化等等。
2、遗传变异与分子标记
遗传变异的产生、分子标记的种类及其在进化分析中的应用。
3、序列比对
序列比对经常遇到的一些问题，如重复、替换和空位。多重比对方法和算法。
4、选择进化模型
进化模型与系统发育重建，选择进化模型，似然率检测。
5、建树方法（距离法、最大似然法、简约法和贝叶斯法）
各种建树方法的理论和方法及其应用。

第三部分：物种及动物命名 （15学时，教师：周红章）
1、物种概念与物种形成机制
1.1物种问题的由来
1.2物种的定义
1.3物种概念的历史演变
1.4物种的生物学本质
1.5物种在生物学研究中的中心地位
2、物种的形成与物种多样性格局
2.1物种形成的模式
2.2物种的隔离机制
2.3进化树与物种分化
2.4 物种分化速率
2.5 分化年代与物种多样性格局
3、动物命名原理与命名法规
3.1动物命名的基本原理
3.2《国际动物命名法规》简介
3.3命名规则
3.4 可用名称与有效名称
3.5 异名与同名
3.5 模式与载名模式
3.6 委员会的作用
3.7更重要的道德规约

第四部分：生物地理（15学时，教师：李枢强）
4.1 生物地理学绪论 
4.2 生物地理学史 
4.3 生物多样性格局 
4.4 分布的格局 
4.5群落和生态系统 
4.6新颖性的来源 
4.7 岛屿上的生死存亡与进化 
4.8 过去的生物 
4.9 今天生物的地理学 
4.10 冰和变化 
4.11 改造这个行星 
4.12 在水中划线 
4.13 阐释过去：分子和同位素生物 
4.14 阐释过去：原理和实践 
4.15 预示未来 
考试（2学时）

教学方式： 课堂授课
考核方式：闭卷考试

参考书：
（1）郑乐怡. 1987. 动物分类原理与方法。高等教育出版社，北京。
（3）Cox, C.B.& Moore, P.D. 2007. 生物地理学－生态与进化的途径(第七版)。赵铁桥译。  高等教育出版社, 北京。
（3）Wiley, E. O. 1981Phylogenetics: the Theory and Practice of Phylogenetic Systematics，John Wiley and Sons, New York.
（4）Mayr, E.，P. D. Ashlock. 1991. Principles of Systematic Zoology，McGraw-Hill, New York.